Con hươu cao cổ trước Kilimanjaro

Tính linh hoạt của SARS-CoV-2 trong việc phát triển các biến thể mới giúp tăng khả năng lây truyền, độc lực và né tránh miễn dịch là một đặc điểm mới đáng lo ngại của đại dịch Covid-19. Việc phát hiện gần đây về một biến thể xuất hiện từ Tanzania đã thêm một chương mới cho câu chuyện đáng lo ngại này. Cho đến khi phát hiện ra biến thể mới, tất cả các biến thể khác được quan tâm hoặc lo lắng đều bắt nguồn từ một loại virus tổ tiên chung, chủng B.1 xuất hiện lần đầu tiên vào đầu năm 2020. Điều này không đúng với biến thể mới được mô tả. Nó phát triển từ một nguồn hoàn toàn khác, dòng A, một phát hiện giúp mở rộng đáng kể sự hiểu biết của chúng ta về số lượng người đột biến mà chúng ta phải chuẩn bị để đối đầu trong những tháng và năm tới.

Sự khác biệt giữa dòng dõi A và dòng B là ba đột biến đã dẫn đến việc xác định dòng dõi B đã thay thế hầu hết những người khác trên khắp thế giới. Cách hiểu thông thường là một sự thay đổi axit amin đơn lẻ trong protein đột biến, đột biến D614G, làm tăng cả khả năng của virus để liên kết với thụ thể ACE2 và đồng thời, ổn định sự tương tác giữa protein S1 và S2 của tăng đột biến, làm tăng khả năng truyền tải. Tôi và những người khác đã gợi ý rằng sự thay thế D614G có thể không phải là tất cả cho câu chuyện thành công của biến thể B.1. Các vi rút lót B.1 mang hai đột biến bổ sung: đột biến P323L trong RNA polymerase phụ thuộc RNA (NSP12), đây là chìa khóa để sao chép vi rút và sản xuất mRNA của vi rút và một đột biến khác trong vùng 5 cơ bản chưa được dịch mã của bộ gen. . Mặc dù hầu như không được nghiên cứu, cả hai đột biến này, cùng với D614G, có thể góp phần vào khả năng sao chép và khả năng truyền trong protein đột biến.

Các biến thể Tanzania (đó là cách tôi sẽ biểu thị nó vì nó thiếu chỉ định chính thức) dạy chúng ta rằng các biến thể được quan tâm và quan tâm có thể thiếu cả ba đột biến xác định của dòng B.1. Tuy nhiên, biến thể mới đang được quan tâm và có thể có mối quan tâm vì nó mang một số đột biến trong đặc điểm protein đột biến của các biến thể bonafide khác được quan tâm từ dòng B.1. Trong số 13 đột biến phân biệt protein đột biến của biến thể Tanzania với chủng Wuhan ban đầu, tám đột biến được tìm thấy trong họ B.1 của các biến thể. Đây là một minh họa đáng chú ý về sự tiến hóa hội tụ. Không một biến thể B.1 nào mang tất cả các đột biến này, nhưng mỗi biến thể phải mang lại một số lợi thế chọn lọc cho biến thể dòng A. Cần lưu ý năm đột biến đột biến chỉ có ở virus Tanzania, vì chúng cũng có khả năng xuất hiện sớm hoặc muộn trong các biến thể lót B.1.

Dòng biến thể Tanzania là tham chiếu đến các biến thể khác

Quan sát đáng lo ngại nhất là virus Tanzania sở hữu đột biến E484K được tìm thấy trong nhiều biến thể B.1 cần quan tâm. Đây kháng trao đột biến để trung hòa kháng thể của điều dưỡng và plasma vắc-xin và cũng làm giảm hoạt tính của một số kháng thể đơn dòng trung hòa. Quan sát này cho thấy rằng giống như các biến thể khác, vi rút Tanzania này có thể đề kháng, ít nhất là một phần, với thế hệ vắc xin Covid-19 hiện tại. Đột biến E484K cũng làm tăng ái lực của protein đột biến đối với thụ thể ACE2, làm tăng khả năng truyền tải.

Một đột biến khác của nốt nhạc trong protein đột biến là P681H. Sự thay đổi này xảy ra gần vị trí phân cắt giữa các protein con tăng đột biến S1 và S2. Chúng tôi và những người khác suy đoán rằng đột biến này làm tăng khả năng truyền qua bằng cách tăng hiệu quả của protein S tiền chất tăng đột biến, một yêu cầu cho khả năng lây nhiễm.Tất cả các biến thể cần quan tâm đều mang một số đột biến trong vùng tận cùng N của protein đột biến. Một lần nữa, trong một ví dụ về tiến hóa hội tụ, bốn trong số những đột biến này xuất hiện trong các biến thể dòng B.1, nhưng không phải tất cả cùng xuất hiện trong bất kỳ biến thể đơn lẻ nào khác. Miền tận cùng N chứa một vị trí siêu kháng nguyên, là mục tiêu của nhiều kháng thể trung hòa. Nhiều người đột biến miền N-terminal của bản đồ virus Tanzania đến trang web này.

Protein đột biến biến thể Tanzania: Các đột biến có màu đỏ là những đột biến được tìm thấy trong các biến thể dòng “B”; đột biến … [+]

Do chưa có chức năng cụ thể nào được quy cho vùng tận cùng N, tập hợp các đột biến này được cho là làm tăng khả năng của vi rút thoát khỏi sự phát hiện miễn dịch. Tôi nghi ngờ rằng đó không phải là tất cả những gì có trong câu chuyện. Chúng ta có thể đặt câu hỏi: Tại sao lại có những đột biến đặc hiệu hội tụ như vậy ở các siêu sinh vật và các vị trí khác? Các cuộc điều tra về các chức năng của miền đầu cuối N đáng được nghiên cứu thêm.

HÌNH 2 CÁC ĐỊNH MỨC SPIKE: Δ144 được chia sẻ với B.1.1.7 và B.1.525; D215G được chia sẻ với B.1.351 và … [+]

Thêm 18 thay đổi axit amin xảy ra trong các protein bên ngoài protein đột biến. Chúng bao gồm 14 trong các protein orf1ab chỉ định phức hợp sao chép. Các đột biến mở rộng trong phức hợp sao chép là đặc điểm chung của các biến thể lót B.1. Tôi và những người khác suy đoán rằng những đột biến này giúp tăng cường khả năng sao chép, góp phần làm tăng độc lực và khả năng lây truyền của tải lượng vi rút. Không phải tất cả lợi thế chọn lọc của các biến thể đều dễ dàng được quy cho các đột biến chỉ trong các protein đột biến.

Trong số bốn axit amin còn lại thay đổi bên ngoài protein đột biến, có hai thay đổi trong protein cấu trúc, mỗi thay đổi trong protein vỏ (E) và protein nucleocapsid (N). Các kháng thể nhắm mục tiêu cả hai đều có trong huyết tương dưỡng bệnh làm tăng khả năng những thay đổi này góp phần vào việc né tránh miễn dịch. Hai thể đột biến còn lại đều thay đổi trình tự mã hóa của protein phụ orf8. Một trong số này giống với một đột biến trong một biến thể lót B.1 cần quan tâm. Tôi lưu ý rằng orf8 là một trong những protein virus đột biến thường xuyên nhất, phổ biến cho tất cả các biến thể cần quan tâm. Protein orf8 là một trong những protein có tính kháng nguyên cao nhất trong số các protein SARS-CoV-2, làm tăng giả thuyết hợp lý rằng đây là những đột biến bỏ trốn. Ở những nơi khác, một số ý kiến ​​cho rằng, có thể làm chậm quá trình nhân lên của vi rút và các đột biến cắt ngắn protein orf8 làm giảm chức năng của nó có thể làm tăng tải lượng vi rút ở những bệnh nhân bị nhiễm bệnh.

HÌNH 3 CÁC ĐỊNH MỨC CHIẾT XUẤT: T739I trong NSP12 được chia sẻ với B.1.1.298; E92K trong orf8 được chia sẻ với … [+]

Vậy tại sao biến thể mới này lại có liên quan? Đây là một biến thể khác mà chúng tôi phải đặc biệt cảnh giác. Nó có thể lây nhiễm và né tránh miễn dịch như các biến thể B.1.1.7 và B.1.351 phổ biến, ngoài khả năng tái nhiễm tiềm tàng, vì chúng mang các đột biến tương tự. Nó cũng đại diện cho lý do tại sao chúng ta cần giám sát các biến thể toàn diện hơn trên toàn thế giới. Nếu điều này không được phát hiện ở sân bay Angola, nó có thể đã gây ra sự tàn phá trong nước và các nơi khác.

Chúng tôi vẫn chưa biết chính xác mức độ nguy hiểm của biến thể Tanzania. Điều đó một phần là do thông tin bị mất hoàn toàn mới trong đại dịch từ quốc gia đó. Dữ liệu chính thức sẽ không có ca nhiễm trùng nào xảy ra ở Tanzania kể từ tháng 5 năm 2020, điều này rõ ràng không phải như vậy. Sự xuất hiện của một biến thể mới được quan tâm và có thể gây lo ngại được phát hiện ở khách du lịch từ quốc gia đó cho thấy sự cần thiết phải minh bạch, cả về việc kiểm soát Covid-19 trong nước và những nguy cơ vi rút phát ra từ Tanzania có thể gây ra cho phần còn lại của thế giới.

(Nguồn Forbes.com)